Den grunnleggende operasjonsprosedyren til en CNC-fresemaskin inkluderer vanligvis påslagning, retur til referansepunktet, programinndata, fastspenning av arbeidsstykket, verktøyinnstilling, maskinering og avslåing. Sikkerhetsprosedyrer må følges under drift, for eksempel bruk av passende verneutstyr og korrekt bruk av nødstoppknappen. CNC-systemets kontrollpanel består vanligvis av en CRT-monitor, et MDI-panel og et maskinverktøyskontrollpanel. Programmering er en essensiell ferdighet for å betjene en CNC-fresemaskin, som involverer både manuell og automatisk programmering.
Valget av skjæreparametere må følge visse prinsipper: grovbearbeiding tar sikte på høy metallfjerning, mens etterbehandling tar sikte på høy overflatekvalitet. Nøkkelparametere som skjærehastighet Vc og tabellmatingshastighet F kan beregnes ved hjelp av formler.
